Les 10 ans d’ELIXIR
ELIXIR, l’infrastructure européenne de données biologiques, a déjà dix ans. Elle aura un nouveau directeur à partir de mars 2024 en la personne du professeur Tim Hubbard. Son programme actuel, fixé pour cinq ans, la situe au plus près des défis sociétaux.
La date officielle de création de l’organisation internationale ELIXIR est le 18 décembre 2013. Ce jour-là, ses cinq membres fondateurs – dont la Suisse – ont ratifié l’accord de consortium. Grâce à ELIXIR, les chercheurs des pays membres ont eu un accès facilité à des données biologiques au cours des dix dernières années, ce qui a contribué à accélérer la recherche en sciences de la vie.
Un million de personnes et leurs données
Depuis 2014, ELIXIR a coordonné plusieurs grands projets européens. L’un des derniers en date est le projet Genomic Data Infrastructure (GDI), lancé en novembre 2022 pour une durée de quatre ans et doté de 40 millions d’euros par la Commission européenne. Le but est de construire une infrastructure qui permette aux chercheurs et aux chercheuses d’accéder au génome d’un million d’êtres humains en Europe. Diverses informations seront ainsi disponibles pour la recherche, par exemple sur l’état de santé de ces personnes.
Ces données étant extrêmement sensibles, elles ne sont pas stockées de façon centralisée, mais sur des serveurs situés dans les pays de provenance. L’accès aux banques de données est très sélectif. Les données brutes peuvent être exploitées à des fins d’analyse, mais ne peuvent pas être exportées. L’infrastructure doit respecter un niveau d’exigences maximal, avec de nombreuses interfaces.
Nouveau programme de travail à partir de 2024
Le premier programme d’ELIXIR a été lancé début 2014 pour cinq ans. Aujourd’hui, dix ans plus tard, commence le nouveau programme d’ELIXIR pour les années 2024 à 2028.
Dans ce troisième programme, ELIXIR se place au plus près des défis sociétaux actuels. Ses nouvelles thématiques sont le recul de la biodiversité, la sécurité alimentaire et les nouveaux agents pathogènes. Ces enjeux ont en commun le fait que les technologies moléculaires jouent un rôle important dans leur traitement. L’accès aux données spécifiques de ces domaines et le partage de celles-ci sont donc indispensables pour des recherches fructueuses. L’intégration des nouvelles priorités thématiques dans les activités d’ELIXIR est une bonne nouvelle pour les chercheurs qui travaillent dans ces domaines.
Certaines thématiques, comme la génomique humaine, gagnent en importance dans le nouveau programme. Par ailleurs, le rapprochement entre les nœuds nationaux d’ELIXIR va se poursuivre. Avec le renforcement de l’open science, les résultats scientifiques seront accessibles à un public plus large, de sorte que la société pourra mieux en profiter. ELIXIR soutient ses membres dans la mise en œuvre des principes de l’open science et dans la collaboration avec le monde industriel.
Nouveau directeur
Le professeur Tim Hubbard prendra ses fonctions de directeur d’ELIXIR en mars 2024. Il est titulaire d’une chaire de bioinformatique au département de génétique médicale et moléculaire du King’s College de Londres. Il reprendra le flambeau des mains de Niklas Blomberg, qui a dirigé l’infrastructure avec succès depuis 2014.
Pourquoi vouloir diriger ELIXIR?
J’ai collaboré à la planification à l’échelle européenne de projets tels que «Beyond one million genomes». En tant que directeur d’ELIXIR, j’aurai l’occasion rêvée de participer aussi à la mise en œuvre de ces projets. En outre, j’ai toujours eu à cœur de défendre la mission d’ELIXIR, puisque j’ai fait partie dès 2005 du groupe d’experts qui a élaboré les premières propositions d’infrastructures biologiques.
Quels sont les principaux défis auxquels ELIXIR doit faire face, selon vous?
Il est évident que l’intelligence artificielle (IA) va avoir un fort impact à la fois sur la recherche fondamentale en biologie et sur les applications, par exemple dans le domaine de la santé. Un défi de taille d’ELIXIR consistera à s’assurer que la coordination et les standards entre les membres du réseau permettent d’optimiser l’exploitation des opportunités et des atouts de l’IA.
Quels sont vos objectifs pour ELIXIR?
ELIXIR a récemment publié son programme scientifique pour les années 2024 à 2028, dans lequel les données humaines et la recherche translationnelle font partie des priorités. J’y vois une chance pour ELIXIR de promouvoir l’interopérabilité des données de santé dans toute l’Europe.
Étant donné les inquiétudes autour de la protection des données, il est essentiel de mettre au point une infrastructure qui permette de traiter de façon sûre les jeux de données stockés dans différents pays. La coordination à travers toute l’Europe et dans chacun des pays membres est un facteur décisif. En Suisse, par exemple, le Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) a un rôle de leader dans ce domaine. J’aimerais intégrer ce type d’activités nationales à l’échelle européenne.
Qui est ELIXIR?
ELIXIR est l’infrastructure européenne de données biologiques. Elle est organisée de façon décentralisée et compte 23 membres (22 nœuds nationaux dans les pays membres plus le Laboratoire européen de biologie moléculaire EMBL). Le nœud central d’ELIXIR se trouve à Hinxton, au Royaume-Uni. Les différents nœuds gèrent des banques de données et des outils d’analyse indispensables dans les sciences de la vie. Dans sa fonction de nœud suisse, le SIB a été l’un des principaux moteurs dans la création d’ELIXIR.